Les algues sont des micro-organismes végétaux qui produisent des substances organiques à partir de substances minérales et du gaz carbonique de l'eau. Sa prolifération et propagation s'effectuent par des spores, qui sont transportés en forme de poussière par toute l'atmosphère, en se déposant à l'intérieur de la piscine, même avec couverture.
Différents types d’algues peuvent envahir la piscine. Ils existent plus de 20 000 espèces dans la nature. Les algues se multiplient rapidement et leur croissance est stimulée par les hautes températures, par la lumière du soleil, par un niveau de désinfection insuffisante, ainsi que, par une eau fortement chargée de sels dissous.
Avec le développement des algues, l'eau d'une piscine peut être modifiée en devenant « trouble ». Les algues sont la base d'alimentation des bactéries et des fongus, en favorisant leur prolifération.